Mata kuliah ini membahas tentang ruang lingkup ekologi perairan dan konsep dasar ekosistem perairan; klasifikasi ekosistem perairan, meliputi perairan tawar, payau dan laut, termasuk di dalamnya membahas mengenai definisi, ciri abiotiknya, faktor-faktor pembatas dalam ekosistem perairan, asas-asas dan konsep ekosistem yang meliputi organisasi pada taraf komunitas, populasi dan individu; produktivitas (primer dan sekunder) dan dinamika ekosistem perairan, baik di perairan tawar, payau maupun laut.